Les diatomées provenant de 140 mares de deux régions de France, le plateau calcaire de la Beauce au nord et la région de sable et d'argile d'Orléans et de la Sologne au sud, ont été analysées afin d'évaluer l'influence de la géologie régionale, de l'aménagement du territoire et des substrats colonisés. Des mares permanentes et éphémères ont été inclues dans les analyses. La procédure de permutation multi-réponses illustre les différences et similarités entre les deux régions, les 13 différentes classes de types de mares et les différents substrats. Les analyses ont démontré pourquoi certains types devraient être regroupés dans une large classe, avec six types de mares retenus. La plupart des catégories de substrats n'ont montré aucune différence significative; seulement une catégorie, les sphaignes, diffère de toutes les autres, tandis que la boue et les racines vivantes diffèrent également beaucoup des autres catégories.

Les analyses des correspondances canoniques des deux régions ensemble et puis de chacune des régions séparément, en utilisant uniquement les données des mares permanentes, ont permis de mettre en évidence les principaux facteurs environnementaux. Pour les deux régions, trois facteurs essentiels ont été déterminés : le pH, le log conductivité et l'aire de surface. Le plateau calcaire de la Beauce est influencé par le pH et le potassium, tandis que la région de sable et d'argile d'Orléans et Sologne est influencée par le log conductivité, et SiO₂ sur les axes 1–2.