Evolutionary significant units are an important level of biodiversity in management and conservation programs. Molecular data are considered a high priority for efficient Broad-Snouted Caiman (Caiman latirostris) conservation. In this study, we used two mitochondrial (COI and 16sRNA) and one nuclear (RAG1) molecular markers to test the hypothesis of independent evolution of geographic lineages across Brazilian river basins. We captured caimans at night and cut one or more scales from the tail for genetic analyses. We obtained genetic data from 37 C. latirostris captured between September 2012 and June 2013 from 13 locations throughout four river basins: Doce, Jequitinhonha, Paraná, and São Francisco. Clades were closely associated to river basins, supporting the presence of three distinct phylogenetic lineages within the 1) São Francisco and Jequitinhonha, 2) Doce, and 3) Paraná river basins. These lineages have been isolated probably since the rise of Pleistocene low sea levels and do not have recent gene flow. They have mtDNA reciprocal monophyly and, therefore, present compelling evidence to be considered as evolutionary significant units. Considering the hidden genetic diversity within this species, we recommend conservation efforts for all three independent units within C. latirostris.

Unidades evolutivas são um importante nível de biodiversidade em programas de conservação e manejo. Dados moleculares têm alta prioridade para estratégias de conservação eficientes de jacarés-de-papo-amarelo. Neste estudo usamos dois marcadores mitocondriais (COI e 16sRNA) e um nuclear (RAG1) para testar a hipótese de que linhagens geográficas desta espécie evoluíram de forma independente em bacias hidrográficas brasileiras. Capturamos jacarés à noite e cortamos uma ou mais escamas da cauda para análises genéticas. Obtivemos dados genéticos de 37 indivíduos de C. latirostris capturados entre setembro de 2012 e junho de 2013 em 13 localidades ao longo de quatro bacias: Doce, Jequitinhonha, Paraná e São Francisco. Os clados foram fortemente associados às bacias, corroborando a existência de três linhagens filogenéticas ocupando as bacias dos rios (1) São Francisco e Jequitinhonha, (2) Doce, e (3) Paraná. Estas linhagens estão isoladas provavelmente desde a elevação do nível do mar durante o Pleistoceno, não apresentando fluxo gênico recente. Elas têm monofilia recíproca de mtDNA e, portanto, apresentam evidências suficientes para serem consideradas Unidades Evolutivas Significativas. Desse modo, recomendamos esforços de conservação direcionados a cada uma destas três unidades independentes dentro de C. latirostris tendo em vista a diversidade genética oculta nesta espécie.