Endogenous retroviral elements (ERVs) are prolific components of the genomes of complex species, typically occupying more sequence space than do essential, protein-encoding genes. Much of what we know today about the structure and function, as well as the evolution and pathogenic potential, of ERVs was fleshed out over several decades during the last century using the avian leukosis virus subgroup E–related (ALVE) family of endogenous retroviruses of chickens as a model system. A critical enabling factor in the elucidation of ALVE structure and function is the ability to detect and unambiguously identify specific ALVE proviral elements and to develop accurate element profiles for individual chickens under study. Currently, the most common approach for ALVE locus detection involves element-specific PCR assays carried out using primers that target host DNA near the insertion site of the provirus (i.e., the upstream and downstream flanks of the unoccupied site). Here we describe a new approach for proviral detection that exploits restriction enzyme sites in flanking DNA to develop ALVE element profiles more rapidly than with assays currently in use. Moreover, unlike element-specific PCR tests, the “profiling” assay detects novel ALVEs for which insertion sites have not yet been identified as well as previously characterized elements.

Ensayo rápido de perfiles para provirus del virus de la leucosis aviar subgrupo E en pollos.

Los elementos retrovirales endógenos (ERV) son componentes prolíficos de genomas de especies complejas, por lo general ocupan más espacio en las secuencias en comparación con los genes que codifican para proteínas esenciales. Mucho de lo que actualmente se conoce sobre la estructura y función, así como la evolución y potencial patógeno de los ERV se han desarrollado en varias décadas del siglo pasado utilizando como modelo a los retrovirus endógenos de pollos que están relacionados con la familia del virus de la leucosis aviar E. Un factor crítico que permite la elucidación de la estructura y la función de los virus de la leucosis aviar E es la capacidad de detectar e identificar sin ambigüedad elementos provirales específicos del virus de la leucosis aviar E y para desarrollar perfiles precisos de elementos individuales para los pollos bajo estudio. Actualmente, el método más común para la detección de locus del virus de la leucosis aviar E implica ensayos de PCR específicos para cada elemento que se llevan a cabo utilizando iniciadores que se dirigen al ADN del huésped cerca del sitio de inserción del provirus (es decir, con orientación a los extremos 5′ y 3′ del sitio desocupado). En este trabajo se describe un nuevo enfoque para la detección proviral que utiliza sitios de enzimas de restricción en el ADN adyacente para desarrollar de forma más rápida, perfiles de elementos del virus de la leucosis aviar E en comparación con los ensayos actualmente en uso. Por otra parte, a diferencia de las pruebas de PCR para elementos específicos, los ensayos “de perfiles” detectan nuevos virus de la leucosis aviar E para los cuales sus sitios de inserción aún no han sido identificados, así como elementos previamente caracterizados.