Results of phylogenetic analyses are often not translated into formal classifications, because only a portion of the taxa have been sequenced, making the placement of the remaining taxa unclear. This is the case for Gomphillaceae Walt. Watson ex Hafellner, which currently includes 422 accepted lichenized and 18 lichenicolous or fungicolous species, with only 27% having sequence data available. A separate, expanded phylogeny of the family recognized at least 19 further genus-level lineages, in addition to the 27 genera thus far distinguished, for a total of 46, making it necessary to reassess generic placement of a large number of non-sequenced species and to test the stability of the newly proposed classification. In the present study we applied the phenotype-based phylogenetic binning approach to address this problem. We selected 310 taxa, leaving out most species of Gyalidea Lettau ex Vězda and part of Gyalideopsis Vězda and Gyalectidium Müll. Arg., because the phylogenetic framework was either not yet well established (Gyalidea, Gyalideopsis) or the genus was well-defined phenotypically (Gyalectidium). Of the 310 selected species, 72 had sequence data available and served as reference taxa. The binning analysis for the 238 remaining taxa for which no molecular data were available placed 157 taxa (66%) with absolute support (100%) into a single node in the reference tree. Further 35 taxa appeared on two or more alternative nodes but had at least 90% support for one of these nodes. Another 24 taxa had between 70% and 89% support for a given node, resulting in a total of 216 out of 238 taxa (91%) with a supported placement in the tree. Of these, 181 were placed within one of the 46 genus-level lineages, whereas 35 clustered with unnamed nodes, indicating further, potentially unrecognized genera. These mostly included non-foliicolous species of Gyalideopsis and relatives for which no sequenced taxa were in the molecular reference tree. Three further species of Gyalideopsis were placed with the outgroup. Most of the placements obtained through phylogenetic binning were consistent with anticipated placements from earlier studies. Only for a small portion of the taxa (about 10%), the binning results were in conflict with their current or previously predicted placement.

Reclassification des lichens de la famille Gomphillaceae Walt. Watson ex Hafellner (Ascomycota: Graphidales) à l'aide du regroupement phylogénétique basé sur la morphologie.

Les résultats de l'analyse phylogénétique ne sont souvent pas traduits en classifications formelles, car seule une partie des taxons a été séquencée, ce qui rend le placement des taxons restants peu clair. C'est le cas pour les Gomphillaceae Walt. Watson ex Hafellner, qui comprennent actuellement 422 espèces lichénisées et 18 espèces lichénicoles ou fongicoles acceptées, avec seulement 27% ayant des données de séquence disponibles. Une mise à jour de la phylogénie chez cette famille a permis la reconnaissance d'au moins 19 lignées supplémentaires ou nouvelles au niveau du genre, en plus des 27 genres connus jusqu'à présent, ce qui a rendu nécessaire de réévaluer le placement générique de nombreuses espèces non séquencées et de tester la stabilité des nouvelles lignées résultantes. Dans la présente étude, nous avons donc appliqué l'approche de regroupement phylogénétique à cette famille. Nous avons sélectionné un sous-ensemble de 310 espèces, en laissant de côté la plupart des espèces de Gyalidea Lettau ex Vězda et une partie de Gyalideopsis Vězda et Gyalectidium Müll. Arg., soit parce que le cadre phylogénétique n'était pas encore bien établi pour ces genres (Gyalidea, Gyalideopsis), soit parce que le genre était par ailleurs bien défini et monophylétique (Gyalectidium). Sur les 310 espèces sélectionnées, 72 disposaient de données de séquence et servaient de taxons de référence. L'analyse de regroupement sur les 238 taxons restants et pour lesquels aucune donnée moléculaire n'était disponible a placé 157 taxons (66 %) avec un support absolu (100 %) dans un seul nœud de l'arbre de référence. Trente-cinq autres taxons sont apparus sur deux nœuds alternatifs ou plus, mais avaient au moins 90 % de support pour un nœud; 24 autres taxons avaient entre 70 % et 89 % de support pour un nœud donné. Ainsi, 216 taxons sur 238 (91 %) avaient un support pour un nœud donné. Cependant, pour 35 d'entre eux, le placement des nœuds se trouvait dans une partie non résolue de l'arbre, indiquant des genres potentiellement non reconnus, comprenant principalement des espèces non foliicoles de Gyalideopsis et des taxons apparentés pour lesquels aucune séquence ne se trouvait dans l'arbre de référence. Trois autres espèces de Gyalideopsis ont été placées avec l'exogroupe. La plupart des taxons restants pouvaient être placés dans un genre donné en toute confiance, y compris les 19 genres nouvellement reconnus, et la plupart des placements obtenus par regroupement phylogénétique étaient cohérents avec les placements prévus, y compris des études antérieures. Pour une petite partie des taxons seulement (environ 10 %), les résultats du regroupement étaient en conflit avec leur placement actuel ou prédit précédemment.