We describe a new species of Stenocercus from the Andes of Ecuador that previously was erroneously assigned to S. guentheri due to its general phenotypic similarity with this species. Based on phylogenetic analyses of mitochondrial DNA sequence data, we show that the new species is not nested within S. guentheri but is actually sister to S. festae. The new species can be distinguished from other Stenocercus by the combination of the following characters: imbricate scales on posterior surface of thighs, smooth ventrals, a posthumeral mite pocket consisting of a shallow depression with a wide opening (more distinct in adult specimens), small scales on occipitoparietal region, supraoculars of similar size, 62–83 scales around midbody, and no black midventral stripe or black transverse band on the ventral surface of neck in adult males.

Describimos una especie nueva de Stenocercus de los Andes de Ecuador, que debido a similitud morfológica estaba erróneamente asignada a S. guentheri. En base a análisis filogenéticos de datos de secuencias de ADN mitocondrial, demostramos que la especie nueva no está anidada dentro de S. guentheri y es la especie hermana de S. festae. La especie nueva se puede diferenciar de otras especies de Stenocercus por la combinación de los siguientes caracteres morfológicos: escamas imbricadas en la superficie posterior de los muslos, ventrales lisas, bolsillo posthumeral poco profundo con una abertura ancha (más marcado en adultos), región occipitoparietal con escamas pequeñas, supraoculares de tamaño homogéneo, 62–83 escamas alrededor del cuerpo, franja medio ventral negra o banda transversal negra en el cuello ausentes.