Approximately one-third of amphibian species are experiencing population declines. Among the most affected groups are the Harlequin frogs (Bufonidae: Atelopus), nearly all of which are threatened with extinction. We monitored one of the last known Ecuadorian populations of Atelopus spumarius (Pebas Stubfoot Toad) with a mark–recapture survey between February 2009 and December 2010. We aimed to determine the effect of the fungal pathogen Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), previously recorded at the site, on population size and survival. We also analyzed the effect of selective logging which occurred along the transect in April 2010. We tested every individual captured or recaptured for Bd presence using end-point PCR. All 679 Bd swabs (from 356 individuals) were negative, suggesting that Bd did not influence population size and survival. Population size increased during the first 9 months of the study (August 2009–April 2010), from an estimated 47 to 92 individuals, but then decreased by November 2010 to an estimated 48 individuals. Probability of survival was 0.13 lower in months following selective logging compared to previous months; emigration decreased by 0.37 after the logging event. Pairs in amplexus were found between April and December, suggesting a long, if not year-round, reproductive period. Although most Atelopus spp. declines have been attributed to Bd, we present a case in which Bd has been detected in the area yet changes in population size cannot be attributed to chytridiomycosis. Analyses of survival and male body condition index suggest that the decline at the end of the study was the result of habitat destruction.

Aproximadamente un tercio de las especies de anfibios experimentan declives poblacionales. Entre los grupos más afectados están las ranas Arlequín (Bufonidae: Atelopus), casi todas se encuentran en peligro de extinción. Monitoreamos el tamaño poblacional y la supervivencia de una de las últimas poblaciones ecuatorianas de Atelopus spumarius con un muestreo de marca-recaptura entre Febrero 2009 y Diciembre 2010. Debido a que Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) había sido previamente registrado en el sitio, quisimos determinar su efecto en el tamaño poblacional y supervivencia. También analizamos el efecto de tala selectiva, la cual ocurrió a lo largo del transecto en Abril 2010. Diagnosticamos la presencia de Bd en cada individuo capturado o recapturado usando PCR de punto final. Las 679 muestras de Bd (provenientes de 356 individuos) fueron negativas, sugiriendo que Bd no influenció el tamaño poblacional y la supervivencia. El tamaño poblacional aumentó durante los nueve primeros meses del estudio (julio 2009–abril 2010) de un estimado de 47 a 92 individuos pero luego disminuyó en noviembre de 2010 a 48 individuos. La probabilidad de supervivencia fue 0.13 más baja en los meses posteriores a la tala selectiva que en los meses previos; emigración también disminuyó por 0.37 en los últimos meses. Parejas en amplexus fueron encontradas entre abril y diciembre, sugiriendo un período reproductivo largo, o incluso de duración anual. Aunque la mayoría de declives de Atelopus han sido atribuidos a infecciones de Bd, presentamos un caso en el que Bd ha sido detectado en el área, pero los cambios en el tamaño de la población no pueden ser atribuidos a quitridiomicosis. Análisis de supervivencia y del índice de la condición corporal en machos sugiere que el declive al final del estudio fue resultado de la destrucción del hábitat.