The Heteromys pictus–spectabilis species complex currently consists of two species: H. pictus, which is distributed across western, central, and southern Mexico; and H. spectabilis, an endangered species which is restricted to a small region of southeastern Jalisco. Previous phylogenetic studies have indicated that H. spectabilis renders H. pictus as paraphyletic, and therefore revisions are needed to resolve this paraphyly. Phylogenetic trees based on mitochondrial DNA and nuclear DNA genes were constructed using maximum likelihood and Bayesian methods, grouping individuals into previously established Cytochrome b (Cytb) haplogroups across the geography. Phylogenetic trees were run through bPTP and GMYC analyses to estimate the number of predicted species that may be present, and when these lineages likely diverged based on the genes tested. To assist with species delimitation predictions (based on the Genetic Species Concept), intra- and interspecific Kimura two-parameter (K2P) values were calculated to predict species-level lineages within the species complex. We found evidence to support the hypothesis that there are multiple cryptic species present within H. pictus, with some K2P values between the Cytb haplogroups being on par with what is expected between different species and genera within Rodentia. This is further supported by the phylogenetic trees (individual and concatenated) constructed from Cytb and three nuclear genes (Bfib, IRBP, and PRKCI), which consistently group certain Cytb haplogroups together in ways that correspond to geographic filter barriers in Mexico.

En la actualidad, el complejo de especies Heteromys pictus–spectabilis está constituido por las susodichas dos especies. Heteromys pictus está distribuida por el oeste, centro y sur de México, y H. spectabilis (una especie en peligro de extinción) está limitada a una pequeña región del sureste de Jalisco. Estudios filogenéticos previos indican que H. spectabilis hace que H. pictus sea parafilética, por lo cual es necesaria una revisión para resolver esta parafilesis. Usando métodos Bayesianos y de Máxima Verosimilitud, fueron construidos árboles filogenéticos basados en ADN mitocondrial así como genes nucleares agrupando a los individuos en haplogrupos de Citocromo b (Cytb) previamente establecidos a lo largo y ancho de la geografía. Los árboles filogenéticos resultantes fueron analizados usando bPTP y GMYC para estimar el número de especies previstas que pudieran estar presentes y cuando estos linajes eran más dados a divergir entre si sobre la base de los genes usados en los análisis. Para apoyar las predicciones de linajes de especies (predicciones basadas en el Concepto Genético de Especies), los valores de dos parámetros de Kimura (K2P) fueron calculados para pronosticar el número de linajes en el complejo de especies. Encontramos evidencia para apoyar la hipótesis de que existen múltiples especies crípticas dentro de lo que se conoce en la actualidad como H. pictus, incluyendo algunos valores de K2P entre haplogrupos de Cytb comparables con valores entre especies o géneros del orden Rodentia. Esta evidencia se apoya además en los árboles filogenéticos basados en Cytb y tres genes nucleares (Bfib, IRBP y PRKCI), los cuales agrupan consistentemente a ciertos haplogrupos de Cytb de forma que corresponde a barreras de filtro geográficas en México.