Thomomys sheldoni Bailey, 1915 is resurrected to recognize a genetically divergent clade of smooth-toothed pocket gophers that inhabits the high-elevation pine–oak forests of the Sierra Madre Occidental in Mexico from northwestern Chihuahua through Durango to western Zacatecas and northeastern Nayarit. Analyses of DNA sequences from 8 genes and genotype assignment tests for 21 allozyme loci establish this clade as a genetically isolated taxon within the T. umbrinus (sensu lato) complex. In addition to the T. sheldoni clade (diploid number of 2n = 76), 3 genetic clades within T. umbrinus (2n = 78) and 1 newly discovered clade (2n = 76) also were recovered in the phylogenetic analyses. Individuals of T. sheldoni and T. umbrinus occur in close proximity with no evidence of gene flow and an average cytochrome-b genetic divergence of 15.6%. Analyses of cranial morphology reveal that skulls of T. sheldoni are, on average, broader and longer than skulls of T. umbrinus and T. atrovarius. We recognize and provide synonymies for 2 subspecies within T. sheldoni based on a weak genetic and morphological break that is coincident with a large, north–south gap in its distribution: T. s. sheldoni in the southern Sierra Madre Occidental, which includes specimens from the type locality and populations in Durango, Zacatecas, and Nayarit; and T. s. chihuahuae in the northern Sierra Madre Occidental, which is known only from Chihuahua.

Thomomys sheldoni Bailey, 1915 es resucitada para reconocer un clado genéticamente divergente de tuzas de dientes lisos que habitan los bosques de altura de pino–encino de la Sierra Madre Occidental en México desde el noroeste de Chihuahua a través de Durango hasta el oeste de Zacatecas y el noreste de Nayarit. Análisis de secuencias de ADN de 8 genes y pruebas de asignación de 21 establecieron este clado como un taxon aislado genéticamente dentro del complejo T. umbrinus (sensu lato). Además del clado de T. sheldoni (número diploide 2n = 76), 3 clados genéticos dentro de T. umbrinus (2n = 78) y un clado recientemente descubierto (2n = 76) también fueron recuperados en los análisis filogenéticos. Los individuos de T. sheldoni y T. umbrinus se encontraron en proximidad cercana sin evidencia de flujo genético y una divergencia genética promedio de citocromo-b de 15.6%. Los análisis de morfología craneal revelaron que los cráneos de T. sheldoni son, en promedio, más anchos y más largos que los cráneos de T. umbrinus y de T. atrovarius. Reconocemos y proporcionamos para 2 subespecies dentro de T. sheldoni basados en una discontinuidad genética y morfológica que coinciden con un vacio grande norte–sur en su distribución: T. s. sheldoni en el sur de la Sierra Madre Occidental, que incluye especímenes de la localidad tipo y poblaciones en Durango, Zacatecas, y Nayarit; y T. s. chihuahuae en el norte de la Sierra Madre Occidental, la que se conoce solamente de Chihuahua.