Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) (Gennadius, 1889), es un complejo de especies crípticas plaga de varios cultivos. En la última década, se reportó el desplazamiento del grupo genético nativo de América por la especie invasiva de Medio Oriente-Asia Menor 1 (MEAM1) que cambió el estado de su distribución. El objetivo de este estudio fue la identificación del grupo genético de B. tabaci, basados en el fragmento del gen marcador citocromo oxidasa I mitocondrial (mtCOI), así como, la detección de virus pertenecientes al grupo de los Begomovirus en B. tabaci mediante la amplificación de la región intergénica (IR). La identificación del grupo genético se llevó a cabo con insectos adultos (n = 210), los cuales se alimentaron de cultivos de Solanaceas y Cucurbitaceas en 2016 y 2017. Se determinó la presencia de Begomovirus confirmando su papel como vector viral. La reconstrucción filogenética de B. tabaci de Baja California Sur basada en el gen mtCOI demostró que la población estudiada formó un grupo monofilético con miembros del grupo genético de MEAM1. El análisis de parsimonia de mtCOI indicó una divergencia genética menor al valor de corte del 4% (rango de 0.0 a 1.69%) de la población analizada con miembros previamente reportados del grupo genético MEAM1. Se logró la detección de la región IR específica para los Begomovirus. Con base a los resultados obtenidos se sugiere que B. tabaci en Solanaceas y Cucurbitaceas de BCS, una región agrícola aislada, pertenecen al grupo genético MEAM1. Este grupo genético se caracteriza por llevar a cabo una transmisión más eficiente de los Begomovirus. La presencia de mosca blanca perteneciente al grupo genético MEAM1 pudo haber sido por la introducción de plantas portadoras de esta plaga provenientes de regiones distantes.