The hispid pocket mouse (Chaetodipus hispidus) is one of the most genetically and morphologically divergent species within the heteromyid genus Chaetodipus. Four subspecies of C. hispidus currently are recognized, C. h. hispidus, C. h. paradoxus, C. h. spilotus, and C. h. zacatecae, ranging from North Dakota south through the Great Plains and Texas to central Mexico. We investigated the phylogeographic structure within C. hispidus by examining mitochondrial DNA from both freshly collected and museum specimens from localities distributed throughout the range of the species. We also examined 11 cranial characters in 303 specimens to assess morphological variation within the species. Although morphometric analyses were unable to differentiate the subspecies, phylogenetic analyses of molecular data indicated that the 4 currently recognized subspecies of C. hispidus are not genetically distinct. Instead, our results indicate that there are 4 distinct mitochondrial clades of C. hispidus that do not correspond to the currently recognized subspecies, but whose geographic limits instead coincide with major geographical features in the southern United States and northern Mexico. The Southern Coahuila filter-barrier (Durango and Coahuila), the Deming Plains (New Mexico), and the Balcones Escarpment (Texas) likely have acted as intermittent physical barriers to gene flow among the distinct mitochondrial clades, which we recognize as subspecies within C. hispidus.

El ratón Chaetodipus hispidus es uno de los miembros más divergentes genéticamente y morfológicamente dentro de los heterómidos del género Chaetodipus. Existen 4 subespecies de C. hispidus reconocidos, C. h. hispidus, C. h. paradoxus, C. h. spilotus, y C. h. zacatecae, cuya distribución se extiende desde Dakota del Norte hacia el sur por las Grandes Llanuras y Texas hasta el centro de México. En este estudio, se investigó la estructura filogeográfica de C. hispidus através del examen de datos de ADN mitocondrial en muestras recientes y antiguas a lo largo de las zonas de la distribución de las especies. También se examinaron 11 caracteres craneales en 303 muestras para determinar la variación morfológica en las especies. Aunque los análisis no pudieron diferenciar entre las subespecies, los análisis filogenéticos indican que 4 subespecies actualmente reconocidas de C. hispidus no son genéticamente distintos. En cambio, nuestros resultados indican que hay 4 nuevos clados mitocondriales distintos de C. hispidus que no corresponden con las subespecies actualmente reconocidas, pero cuyos límites geográficos coinciden con grandes rasgos geográficos delsur de los Estados Unidos y el norte de México. La barrera-filtro de Coahuila Meridional (Durango y Coahuila), las llanuras de Deming (Nuevo México), y el escarpado de Balcones (Texas) han actuado probablemente como barreras físicas intermitentes al flujo genético entre los distintos clados mitocondriales, los cuales reconocemos como subespecies dentro de C. hispidus.