La identidad y filogenia molecular de las especies de Spalangia se determinaron mediante los marcadores intergénicos ITS1 e ITS2 del ADNr. Las especies identificadas fueron: Spalangia nigroaenea Curtis, Spalangia cameroni Perkins, y Spalangia endius Walker. Los tamaños de los fragmentos amplificados de la región ITS1 fueron: S. nigroaenea 970 pb, S. cameroni 720 pb, y S. endius 720 pb. El análisis de la digestión con la enzima AluI, mostró variación en los tamaños de los fragmentos de la región amplificada ITS1; para S. nigroaenea fueron de 620 y 350 pb, para S. endius fueron 430 y 290 pb, mientras que para S. cameroni no se observaron sitios de corte. Los tamaños de los fragmentos de la región intergénica ITS2 fueron: S. nigroaenea 720 pb, S. cameroni 520 pb, y S. endius 580 pb. Los tamaños de los fragmentos de restricción con AluI del gen ITS2 fueron: S. nigroaenea 510 y 210 pb, S. endius 300 y 280 pb, y S. cameroni 330 y 190 pb. Con base en estos resultados, las especies de Spalangia pueden distinguirse mediante los tamaños de fragmentos de las regiones ITS1 e ITS2 digeridos por la enzima AluI. El análisis filogenético con base en caracteres nucleotídicos utilizando Máxima Verosimilitud muestra una estrecha relación de las poblaciones de las especies de Spalangia de México y las de E.U.A. reportadas en el GenBank del NCBI. Los resultados del presente estudio son de relevancia ya que muestran la factibilidad de identificar de manera rápida y precisa las especies de Spalangia, mediante el análisis de restricción con la enzima AluI de los genes ITS1 e ITS2, lo cual es útil en el diseño e implementación de programas de control biológico de moscas.