The use of mitochondrial genes as molecular markers in insect evolutionary studies is useful to determine the origin and successfully identify organisms. We employed a data mining procedure that enabled us to align and trim sequences of the cytochrome oxidase I (COI) gene of 45 fruit fly taxa of the genus Ceratitis and 162 specimens of the Mediterranean fruit fly Ceratitis capitata (Wiedemann) collected from different regions of the world. With the first set of data, we assumed that the phylogenetics of the genus Ceratitis did not contain any monophyletic groups compared to conventional taxonomy. The population genetics study showed that the most diverse populations originated from sub-Saharan Africa, mainly from Guinea (Ghana, Benin and Nigeria) and the Horn of Africa (Kenya, Tanzania and Malawi). The least diverse population came from the Mediterranean where only two haplotypes were identified. Two genetic barriers were identified, one that isolated the Guinean population from the rest of Africa, and the other that separated the island populations (islands of Africa, Oceania and Hawaii) from the rest of the world.

El uso de genes mitocondriales como marcadores moleculares en estudios evolutivos de insectos es útil para determinar el origen e identificar con éxito organismos. Empleamos un procedimiento de extracción de datos con el que obtuvimos secuencias alineadas y recortadas del gen citocromo oxidasa I (COI) de 45 taxones de moscas de la fruta del género Ceratitis, y 162 especímenes de la mosca mediterránea de la fruta Ceratitis capitata (Wiedemann) recogidos en diferentes regiones del mundo. Con los primeros datos asumimos que la filogenética del género Ceratitis no contiene ningún grupo monofilético en comparación con la taxonomía convencional. El estudio de genética de poblaciones mostró que las poblaciones más diversas proceden de África subsahariana, principalmente de Guinea (Ghana, Benín y Nigeria) y del Cuerno de África (Kenia, Tanzania y Malaui). La población menos diversa procedía del Mediterráneo, donde solo se identificaron dos haplotipos. Además, identificamos dos barreras genéticas, una que aislaba a la población de Guinea del resto de África, y otra que separaba a las poblaciones insulares (islas de África, Oceanía y Hawai) del resto del mundo.