Using sequences from 2,615 ultraconserved element (UCE) loci and multiple methodologies we inferred phylogenies for the largest genetic data set of New World bats in the genus Myotis to date. The resulting phylogenetic trees were populated with short branch lengths and widespread conflict, hallmarks consistent with rapid adaptive radiations. The degree of conflict observed in Myotis has likely contributed to difficulties disentangling deeper evolutionary relationships. Unlike earlier phylogenies based on 1 to 2 gene sequences, this UCE data set places M. brandtii outside the New World clades. Introgression testing of a small subset of our samples revealed evidence of historical but not contemporary gene flow, suggesting that hybridization occurs less frequently in the Neotropics than the Nearctic. We identified several instances of cryptic lineages within described species as well as several instances of potential taxonomic oversplitting. Evidence from Central and South American localities suggests that diversity in those regions is not fully characterized. In light of the accumulated evidence of the evolutionary complexity in Myotis and our survey of the taxonomic implications from our phylogenies, it is apparent that the definition of species and regime of species delimitation need to be reevaluated for Myotis. This will require substantial collaboration and sample sharing between geneticists and taxonomists to build a system that is both robust and applicable in a genus as diverse as Myotis.

Utilizando secuencias de 2615 loci de elementos ultraconservados (UCE, por sus siglas en inglés) y múltiples metodologías, inferimos filogenias para el conjunto de datos genéticos más grande hasta la fecha de Myotis del Nuevo Mundo. Los árboles filogenéticos recuperados presentaron ramas de longitud corta y conflictos generalizados, características consistentes con rápidas radiaciones adaptativas. El grado de conflicto observado en Myotis probablemente ha contribuido a las dificultades para desentrañar relaciones evolutivas más profundas. A diferencia de filogenias anteriores basadas en secuencias de 1-2 genes, este conjunto de datos de UCE sitúa a M. brandtii fuera de los clados del Nuevo Mundo. Las pruebas de introgresión en un pequeño subconjunto de nuestras revelaron evidencia de flujo génico histórico, pero no contemporáneo, lo que sugiere que la hibridación ocurre con menos frecuencia en el Neotrópico que en el Neártico. Identificamos varios casos de linajes crípticos dentro de especies descritas, y varios casos potenciales de separación taxonómica excesiva. La evidencia de localidades en Centro y Sudamérica sugiere que la diversidad en esas regiones no está completamente caracterizada. Teniendo en cuenta el cúmulo de información sobre la complejidad evolutiva en Myotis y la exploración de las implicaciones taxonómicas en nuestras filogenias es evidente la necesidad de la definición y el rigor de la delimitación de especies de Myotis deban ser reevaluados. Esto requerirá una colaboración sustancial y el intercambio de muestras entre genetistas y taxónomos para construir un sistema que sea robusto y aplicable en un género tan diverso como Myotis.