En el presente estudio se caracterizó genéticamente al gusano cogollero colectado en 10 estados de México, mediante marcadores AFLP (Polimorfismo en la Longitud del Fragmento Amplificado). Se detectaron altos niveles de polimorfismo (98%), además el análisis de las relaciones genéticas y el índice de diversidad de los datos moleculares indicaron amplia variabilidad genética de esta especie. Se formaron dos grupos de genotipos de S. frugiperda en el dendrograma de las relaciones genéticas, confirmando la presencia de dos razas que podrían haber desarrollado diferencias biológicas y fisiológicas. No se observó la agrupación por origen geográfico, por lo que se concluye que la variación genética identificada se asocia más con la presencia de las razas maíz y arroz, que con el origen geográfico de los especímenes. La combinación E-ACT M-CAC fue la más eficiente para estimar las diferencias entre especímenes y separar ambos grupos de genotipos de S. frugiperda, ya que tuvo los valores de MI (80.52), RP (112.27), y PIC (0.297) más altos, así como una correlación alta y significativa entre PIC y MI (r² = 0.91, p < 0.05), y entre RP y MI (r² = 0.99, p < 0.05).