A range-wide morphological analysis of the Mexican cottontail (Sylvilagus cunicularius) has never been conducted using modern-day multivariate analyses. We took 26 craniodental measurements from the skulls of 155 adults. A discriminant function analysis identified four distinct morphological types. The four morphological types consist of two primary groups. The reddish-colored group occurs on the Pacific coastal plain from Sinaloa to Colima. The individuals from Sinaloa to northwestern Jalisco share various skull features, and those from southwestern Jalisco and Colima have other skull features in common. The constricted coastal plain in northwestern Jalisco appears to separate these two morphological types. The other primary group has a grayish dorsal pelage and occurs in the highlands (the Transvolcanic Belt and Sierra Madre del Sur) and Pacific coastal lowlands of Guerrero and Oaxaca. Within this group, the individuals from the highlands differ from those on the Pacific coastal plain of Guerrero and Oaxaca. Both morphological types have been collected along the western slopes of the Sierra Madre del Sur, one from sea level to 305 m and the other from 822 to 2,225 m. The red and gray cottontails might be distinct species, but we take a conservative approach, awaiting additional lines of evidence. Four distinct subspecies are recognized: Sylvilagus cunicularius cunicularius, Sylvilagus cunicularius insolitus, Sylvilagus cunicularius pacificus (here recognized), and Sylvilagus cunicularius new subspecies.

Nunca se ha realizado un análisis morfológico de amplio rango en el conejo mexicano de monte, S. cunicularius, utilizando análisis multivariados modernos. Se tomaron veintiséis mediciones craneodentales de 155 adultos. Un Análisis de Función Discriminante (DFA) identificó cuatro tipos morfológicos distintos. De los cuatro tipos morfológicos, existen dos grupos principales. El grupo de color rojizo se encuentra en la llanura costera del Pacífico desde Sinaloa hasta Colima. Los de Sinaloa al noroeste de Jalisco comparten varias características del cráneo y los del suroeste de Jalisco y Colima tienen otras características del cráneo en común. La estrecha llanura costera del noroeste de Jalisco parece separar estos dos tipos morfológicos. El otro grupo principal tiene un pelaje dorsal grisáceo y se encuentra en las tierras altas (Cinturón Transvolcánico y Sierra Madre del Sur) y en llanura baja costera del Pacífico de Guerrero y Oaxaca. Dentro de este grupo, los de las tierras altas se diferencian de los de la llanura costera del Pacífico de Guerrero y Oaxaca. Ambos tipos morfológicos han sido recolectados a lo largo de las vertientes occidentales de la Sierra Madre del Sur, uno desde el nivel del mar hasta los 305 m y el otro desde los 822 m hasta los 2,225 m. Los conejos rojos y grises podrían ser especies separadas, pero aquí se adopta un enfoque conservador en espera de líneas de evidencia adicionales. Se reconocen cuatro subespecies distintas, S. cunicularius cunicularius, S. cunicularius insolitus, S. cunicularius pacificus (aquí reconocida), y S. cunicularius nueva subespecie.