Since 1998, avian reovirus (ARV) infection has been detected in broiler and breeding chicken flocks in Tunisia. The genotype of avian reoviruses was established using simple and rapid approaches. Reverse transcription PCR (RT-PCR) on both sigma C (σC) and sigma B (σB)-encoding genes followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyses were used to better characterize Tunisian isolated strains. The RT-PCR amplified fragments of 738 and 540 bp for σC- and σB-encoding genes, respectively, of 15 ARV Tunisian strains. DNA fragments amplified from S1133 vaccine and isolated strains were digested with different restrictions enzymes. RFLP on the σC gene indicated that the field isolates and the S1133 vaccine strain have identical profiles when separately digested with TaqI, PstI, DdeI, and HincII. Considering the σB gene, RFLP profiles were identical with RsaI, BclI, DpnII, and NciI restriction enzymes for all the strains. However, using MseI and AciI enzymes, it was shown that all tested isolates could be clearly distinguished from the vaccine strain. ARV strains could be classified in groups with strong relatedness. Strain-typing based on cleavage site results are in agreement with ARV clustering based on nucleotide sequences of both the σC and σB genes. RT-PCR–RFLP provides a simple and a rapid approach for genotyping ARV isolates, especially when a large number of isolates are being studied. Additionally, this approach may also determine whether a new variant strain has been introduced into a flock or if a given virus strain is being spread from one flock to another.
Genotipificación y clasificación utilizando RT-PCR y análisis RFLP de cepas de reovirus aviar originarias de Túnez.
Desde 1998, la infección por reovirus aviar (ARV) se ha detectado en pollos de engorde y en parvadas de reproductoras en Túnez. El genotipo de los reovirus aviares se estableció utilizando métodos sencillos y rápidos. Se llevó a cabo la transcripción inversa y PCR (RT-PCR) de los genes C (σC) y sigma B (σB) seguido del análisis del polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP). Los análisis se utilizaron para caracterizar mejor las cepas aisladas de Túnez. El método de RT-PCR amplificó fragmentos de 738 pares de bases (pb) y de 540 pb que codificaban para los genes σC y σB, respectivamente, amplificados de quince cepas de reovirus aviar de Túnez. Los fragmentos amplificados de ADN de la vacuna S1133 y de las cepas aisladas se sometieron a la digestión con diferentes enzimas de restricción. Los patrones RFLP del gene σC indicaron que los aislamientos de campo y la cepa vacunal S1133 tienen perfiles idénticos cuando se digirieron por separado con la enzimas TaqI, PstI, DdeI y HincII. Teniendo en cuenta que los perfiles de RFLP del gen σB fueron idénticos con las enzimas de restricción RsaI, BclI, DpnII y NciI para todas las cepas. Sin embargo, mediante el uso de las enzimas MseI y AciI, se demostró que todos los aislamientos ensayados podían distinguirse claramente de la cepa vacunal. Las cepas de reovirus aviares pudieron clasificarse en grupos con una fuerte relación. Los resultados basados en los sitios de restricción estuvieron de acuerdo con la agrupación basada en las secuencias de nucleótidos de los genes σC y σB. El método de RT-PCR y seguido de RFLP proporciona un enfoque sencillo y rápido para la genotipificación de los aislamientos, especialmente cuando se analizan un gran número de aislamientos. Además, este enfoque también puede determinar si una nueva cepa variante se ha introducido en una parvada o si una cepa de un determinado virus está siendo propagada de una parvada a otra.
